如何能获得完美的琼脂糖凝胶图像呢？
琼脂糖凝胶故障排除的重要技巧：
（1）选择合适的缓冲液（TBE还是TAE）
较常用的缓冲液是 TAE （Tris-Acetate-EDTA） 和 TBE （Tris-Borate-EDTA）。每次都需要缓冲液来制备凝胶并填充凝胶将运行的腔室。一般来说，实验室往往更喜欢其中一种，但最好了解其中的差异，以便针对特定的凝胶运行做出适当的选择。选择缓冲区时要考虑的几点包括：
TAE 最适合较大的 DNA 片段，而 TBE 最适合较小的 DNA 片段，因为它提供了更高的分辨率。
TBE 具有更大的缓冲能力，建议用于较长的凝胶电泳;然而，TBE 中的硼酸盐是一种酶抑制剂，因此如果打算将 DNA 用于任何下游应用，推荐使用TAE。
TAE 储备液随着时间的推移更加稳定，而TBE储备液可在几周内沉淀（提示：我通常使用 TBE 进行检测，因此我确保准备少量 5X 储备液以避免沉淀）。
检测目的不同应该选择最佳缓冲液时，请务必考虑这些差异。
（2）选择新鲜的缓冲液
在确定了哪种缓冲液最适合实验后，应该始终准备新鲜的等分试样来制备凝胶并进行电泳。新鲜是指以前未使用过的新鲜稀释的缓冲液。可以保留 5X 或 10X 缓冲液的库存（在 TAE 的情况下保留更高的缓冲液），但请确保在使用前将其稀释。不要重复使用以前运行的缓冲液 - 与必须再次运行整个实验以获得可用图片相比，因不配制新缓冲液而节省的时间可以忽略不计。当我开始只使用新鲜缓冲液时，获得的琼脂糖凝胶图变得更清晰、更均匀。
（3）让凝胶跑够充足的时间
这是最重要的提示：不要急于使用琼脂糖凝胶！大家也不希望仅仅因为赶时间而被一张糟糕的照片毁了美丽的克隆结果。建议在 75V 以下运行凝胶，并确保缓冲液不会过热。可以通过在电泳前冷却缓冲液和/或凝胶，或在冷藏室中电泳凝胶来降低过热的风险。小心大凝胶：它们的中心可能会变热，而边缘很凉。条带拖尾、不均匀的主要原因之一是缓冲液的温度。大家可以（并且应该）通过保持 50V 至 75V 左右的恒定电压来避免这种情况。
琼脂糖凝胶电泳常见问题
1. 使用水代替凝胶缓冲液或电泳缓冲液
琼脂糖凝胶配制和电泳通常使用TAE或TBE缓冲液进行。如果您使用水进行凝胶配制和跑电泳，您的凝胶将在电泳时很快融化。TAE、TBE和水都是透明的溶液；因此，在配制时请检查容器的标签。
2. 使用了错误浓度的琼脂糖
DNA凝胶电泳所需的标准琼脂糖浓度为1.0%。浓度越高，小条带的分辨率越高；反之，琼脂糖浓度越低，大分子量条带的分辨率和分离程度越高。如果使用了错误浓度的琼脂糖凝胶，就很难确定DNA条带的可靠性。当使用低百分比浓度琼脂糖凝胶时要小心；它们往往较软，更容易破损。
3. 颠倒了电泳槽与电源连接线的方向
这是很容易犯的错误，但是如果你不小心颠倒了电泳槽与电源连接线的方向，结果将会非常令人沮丧。因为样本会向相反方向移动，而且由于上样孔与凝胶的末端很近，您会丢失所有的样本。开始您的电泳后确保DNA样本以正确的方向进入凝胶；如果您看到您的条带向错误的方向移动，请颠倒电源线的方向。
4. 什么是适合于您的琼脂糖凝胶电泳的正确缓冲液？
进行DNA琼脂糖凝胶电泳所需的缓冲液类型，主要取决于DNA片段大小和电泳后的应用。进行琼脂糖凝胶电泳最常见的两种缓冲液是Tris-乙酸EDTA缓冲液（TAE）和Tris-硼酸EDTA缓冲液（TBE）。因为两种缓冲液的pH值都接近中性，所以缓冲液中的DNA都带净负电荷并向凝胶装置正极(+)方向移动。
对于小片段DNA (<1000 bp)，如果没有计划从凝胶中回收DNA，那么推荐使用1×TBE缓冲液。TBE溶液具有高离子强度和缓冲能力。TAE缓冲液，结合低电场强度（1–2 V/cm），最适于分离大DNA（12–15 kb）。TAE缓冲液与琼脂糖相互作用，相比较TBE缓冲液中的琼脂糖凝胶，会产生更低的电渗透，更大的表面孔径，和更低的电场强度，可降低大DNA的smear现象。
5. 为了获得最好的分辨率您需要的DNA上样量是多少？
DNA样本量可以是各种各样的，关键是您正在分离的DNA条带的DNA含量。最小可能被检测的DNA的量依赖于所使用的染色方法（例如，使用SYBR Safe DNA凝胶染色可以检测出 3 ng的DNA。一个清晰且界限分明的条带中DNA最大量为100 ng。
6. 凝胶配制如何影响条带分辨率？
推荐的琼脂糖凝胶厚度为3-4 mm；厚度超过5mm的凝胶会产生模糊的条带和更高的染色背景。与此类似，覆盖在电泳装置中凝胶上的电泳缓冲液厚度为3-5mm。缓冲液太多会降低DNA迁移率并造成条带变形。
梳齿的厚度也很重要，它会显著影响分辨率。薄梳(1 mm)会给出界限清晰的条带，而厚梳会产生厚条带，导致分辨率降低。梳齿应充分清洗以去掉可能的残留物，否则可能会在泳道内产生波浪线。此外，在去除梳齿前要先加入缓冲液，以减少琼脂糖孔附近的撕裂。
7. 凝胶类型影响条带分辨率吗？
根据DNA的应用和大小，琼脂糖类型会影响DNA分辨率。凝胶强度，凝胶融解温度，和电渗透是选择合适琼脂糖时的重要因素。
8. 您如何选择琼脂糖凝胶电泳运行环境？
推荐的凝胶电泳装置内的电压是4–10 V/cm（正极和负极之间的距离，不是凝胶长度）。如果电压太低，迁移率会降低，而且条带会因扩散而变宽。如果电压太高，条带分辨率会降低，这主要是由于凝胶过热引起的。
9. 若DNA条带呈微笑状、波浪形怎么处理？
一般考虑胶质不均导致的，可以适当提高灌胶温度，选用小分子核酸染料，不在跑胶时进行染色、换在电泳结束后进行泡染（将凝胶浸入0.5μg/mL溴化乙锭溶液染色30~45min）。
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