ImageJ是基于Java的图像处理软件，由NIH（National Institutes of Health）开发，早期在医学领域用得较多一些。比如用来进行细胞计数、荧光定量分析、电泳条带灰度分析、获取纳米颗粒尺寸分布等，堪称科研界的一大必备杀器。
软件是开源的。网站提供了Windows、macOS、Linux多个平台的版本，可根据需要自行下载。
ImageJ的学习。先来一盘开胃小菜——Scale Bar的制作。
如果你只是为了加个scale bar，用ppt也能解决。但如果有ppt用户跟你嘚瑟，先别急着反驳，且让他飘一会儿~遇事保持冷静是科研人的基本素养，我们先泡上一杯咖啡，然后打开FIJI。
第一步、File>>Open打开图片。
DOI: 10.1088/1757-899X/64/1/012011
这是一幅SEM照片，下方有软件自动生成的标尺。有些时候，我们想要让标尺看上去更加直观，或者不想显示多余的信息。这时就可以单独制作一个标尺。
第二步、测量原标尺的像素长度。点击直线工具，然后在图片中按住鼠标拖拽出和标尺长度匹配的直线。
按住Shift可拖出水平、竖直及斜45°的线；
双击
工具可以设置线宽（Line Width）。
为尽可能减小误差，请尽量放大显示标尺。
放大图片：按住Ctrl键滑动滚轮；或点击
工具再点击图片。
移动图片：按住空格键点击鼠标左键拖拽；或点击
工具再点击拖拽图片。
第三步、设置标尺信息。点击Analyze>>Set Scale，这里有如下参数：
Distance in pixels：所画直线的像素长度，保持默认就好。
Known distance：对应的标尺长度，这里为5。
Pixel aspect ratio：像素纵横比，默认1.0。
Unit of length：标尺单位，这里是μm，可直接输入um。
设置完成后自动得出Scale为26.8 pixels/μm，点击OK。
注：Global选项如果勾选，表示所有图片均按照这一标尺来设置，在批量处理相同尺寸的照片时可以使用，其他情况取消勾选。
第四步、裁剪图像。点击矩形选择工具，在图片中框选想要呈现的部分。点击Image>>Crop（快捷键Ctrl+Shift+X）。如果还想保留原图像，可以选择Image>>Duplicate...（快捷键Ctrl+Shift+D），意为拷贝图片。这时会弹出新的窗口，且需要为新图片命名。
第五步、添加标尺。点击Analyze>>Tools>>Scale Bar，在弹出的Scale Bar窗口中设置标尺长度、字体大小、颜色、标尺位置等参数。点击OK。
设置完成后在图中双击标尺的横线或文字，可拖动至任意位置。
特别注意：如勾选Overlay选项，表示标尺另外覆盖于图片之上（类似于PS中的图层）。
此时若存为tif格式，用其它图片查看器打开是看不到标尺的。只有在ImageJ中打开才能看到，并且可以更改。
若存为jpeg格式，标尺和SEM会合并为一个图层，任何图片查看器打开都可见标尺，但不可再做更改。
如果没有勾选Overlay，不管存为哪种格式，标尺都与原图合并成了一个图层，不可再更改。
最后，点击File>>Save As>>Jpeg/Tiff，保存图片。
在勾选了Overlay的情况下我保存了两种格式的图，jpeg（左）和tiff（右）。其中，tiff格式的图片没有显示标尺，但是在ImageJ中打开是可见且可编辑的。
结果放大如下——
记住，在ImageJ中设置图像标尺并不单纯只是为了设置标尺，而是为后面的长度、面积等参数的测量做准备工作。我们每期进步一点点，时间一长，你就会让整个实验室刮目相看。
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